Alors que la grippe fait en moyenne 10 000 morts tous les ans, nous n’en avons quasiment pas entendu parler cette année ! Et si on avait classé coronavirus une majorité de personnes atteintes de la grippe ?  Cela semble bien le cas en France, en Belgique, en Suisse. En réalité, nous sommes actuellement incapables de faire la différence entre les décès liés à la grippe ou au coronavirus cette année ! D’autant plus que la fiabilité des tests laisse franchement à désirer !


Par Pryska Ducoeurjoly

On aimerait bien savoir combien de personnes sont décédées de la grippe au total cet hiver ! Mais cette donnée est curieusement absente…  Selon Santé publique France (bulletin de surveillance de la grippe paru en mars 2020, semaine 9 [1]), 72 personnes sont mortes de la grippe entre novembre 2019 et le début du mois de mars 2020. C’est peu car cela ne concerne que les cas en réanimation. Dans son dernier bulletin (semaine 11), ce chiffre monte à 88 décès, toujours issus des services de réanimation. Et toujours pas de bilan de mortalité de la grippe… Or l’agence signale qu’il s’agit de son dernier bulletin de surveillance de la grippe [2] et qu’elle bascule désormais sur la surveillance spécifique du covid-19…
En Suisse aussi, Sentinella, le réseau chargé de surveiller l’épidémie de grippe (et de coronavirus), a décidé tout simplement d’arrêter de comptabiliser les cas de grippe à la semaine 11 (au moment où le nombre de grippe avait amorcé la décrue). Elle s’en explique très clairement : « Les symptômes du COVID-19 étant similaires à ceux d'une infection à influenza, il est possible que la statistique Sentinella des affections grippales inclut des cas de COVID-19. De plus, la situation actuelle peut influencer le comportement de consultation médicale des personnes malades. Cela doit être pris en considération lors de l'interprétation des données. Pour ces raisons, les données sont de moins en moins représentatives pour influenza. C'est pourquoi, les rapports sur la grippe seront interrompus avec effet immédiat ».
En Belgique, pays le plus touché par l’épidémie en nombre de décès par million d’habitants, c’est un constat similaire. Yves Rasir, le rédacteur en chef de Néo Santé, a évoqué ce point dans son infolettre du 6 mai 2020 : « Rien de plus édifiant que la lecture du dernier bulletin épidémiologique de Sciensano[3], l’organisme de veille sanitaire en Belgique. En pages 5 et suivantes, on voit que la grippe saisonnière s’est littéralement effondrée à la fin du mois de mars.  Il est normal qu’elle s’estompe avec l’arrivée du printemps mais il est assez curieux que cette infection respiratoire s’écroule totalement et plonge à pic au moment où l’épidémie coronavirale entame son irrésistible ascension.    Le COVID-19 a très visiblement comblé un vide dans les statistiques de syndromes grippaux ».
En France, les données de la mortalité liée à la grippe devraient être normalement présentes comme c’est le cas de tous les bulletins de suivi des saisons précédentes. Mais la France est confrontée à la même difficulté d’analyse des causes de décès.
En effet, c’est le même critère d’infection respiratoire aiguë (IRA) qui sert de base pour déterminer l’ampleur de l’épidémie de grippe… comme du coronavirus. Déterminer la cause (virus de la grippe ou coronavirus), est laissée à l’appréciation de Santé publique France. A-t-on décidé de classer la majorité des IRA de cet hiver dans la case coronavirus ?
Comment surveille-t-on la grippe habituellement ?
Dans le bulletin du 4 mars 2020 concernant la grippe saisonnière et les personnes âgées dans les maisons de retraite, on peut lire “Depuis la semaine 40, pour environ 10 000 collectivités de personnes âgées recensées en France, 531 épisodes de cas groupés d’infection respiratoire aiguë (IRA) ont été signalés à Santé publique France”. Au-delà du fait que ce chiffre soit extraordinairement bas comparé aux années précédentes (voir le tableau ci-après), j’attire votre attention sur le fait que l’infection respiratoire aiguë (IRA) est effectivement le critère retenu pour déclarer un cas possible de grippe.

figure6

Pourquoi Santé Publique France ne donne pas le nombre de décès par grippe ?
Interrogé par Libération[4], l’agence Santé Publique France nous explique, au 4 mars 2020, qu’elle ne peut pas fournir cette année des chiffres concernant la surmortalité liée à la grippe en l’absence de surmortalité générale de la population.  Oui, vous avez bien lu, au 4 mars 2020, il n’y avait pas de surmortalité générale de la population selon l’agence.
« S’il y avait bien une surmortalité lors de la saison 2018-2019, il n’y en a pas cet hiver à ce stade », explique-t-elle à Libération. Cela ne veut pas dire qu’il n’y a pas eu de décès à cause de la grippe (ni qu’il y en a eu seulement 72). Simplement qu’en l’état, la méthode de calcul de Santé publique France ne permet pas de calculer cette valeur pour l’ensemble du pays – puisque ce « modèle de mortalité attribuable à la grippe est appliqué lorsqu’un excès de mortalité est constaté ». Elle répète le même argument dans le dernier bulletin de surveillance paru le 18 mars.
Pas de surmortalité cette année ?
Et tous les morts du coronavirus ? Les chiffres de la mortalité globale hivernale montrent bien un phénomène de surmortalité classique au cours de l’hiver (même si cette surmortalité n’est pas « exceptionnelle », du moins en l’état des chiffres actuels).

demographie

Source : https://www.insee.fr/fr/statistiques/serie/000436394#Graphique
Tout le travail de statistique épidémiologique de Santé Publique France est d’arriver à définir un nombre de décès lié à la grippe, sans se fier aux seuls certificats de décès, qui mentionnent bien souvent une pathologie pré-existante :
« Chez les personnes âgées touchées par la grippe, l’essentiel des décès survient avec retard par rapport à l’infection grippale, soit parce que des bactéries profitent de la faiblesse du patient pour le surinfecter, soit à la suite des décompensations liées à un état général précaire. Dans ce cas, la grippe n’est souvent pas mentionnée sur le certificat de décès », expliquait Daniel Lévy-Bruhl, épidémiologiste à Santé Publique France, interrogé dans un article du Figaro datant du 8 mars 2017 [5].
Mais cette année, une fois n’est pas coutume, Santé publique France n’arrive pas à produire ce chiffre… C’est étonnant dans la mesure où les autorités arrivent en revanche à nous donner chaque jour le nombre de morts du coronavirus !
Beaucoup moins de consultations et d’hospitalisations liées à la grippe
L’agence Santé publique France produit bien les données Sentinelles concernant le nombre de consultations pour syndrome grippal cette année. Elles sont nettement inférieures à celles de l’an dernier.

 

fig1

De même à l’hôpital. Il y a beaucoup moins de cas d’hospitalisation attribués à la grippe.

graphe

Comment surveille-t-on le coronavirus aujourd’hui?
Le dossier pédagogique dédié au covid-19 de l’agence Santé Publique France confirme que l’on surveille essentiellement les consultations pour infections respiratoires aiguës (IRA). Mais à la différence de la grippe, le classement Covid-19 est rendu plus facile ! Par exemple, les épisodes signalés par les établissements d’hébergement de personnes âgées dépendantes (Ehpad) sont définis par la survenue d’au moins 1 cas possible de COVID-19 parmi les résidents ou les professionnels de santé. Plus besoin de « cas groupés » comme avec la grippe, et pas besoin de tests (donc de cas confirmés). Une infection respiratoire aiguë suffit.
La conclusion, c’est que nous aurons bien du mal à avoir des chiffres clairs pour faire le tri entre les cas de grippe ou de coronavirus.  Seule la mortalité globale permettra de savoir si nous avons vraiment vécu un épisode épidémique grippal ou coronaviral…

Morts du coronavirus ou avec le coronavirus ?
On ne connaît pas avec certitude le nombre de contaminés en France et dans le monde. Pour plusieurs raisons. D’une part les méthodes de dépistage ou d’identification ne sont pas les mêmes d’un pays à l’autre, il est donc difficile de comparer. D’autre part tous les décès n’ont pas été testés pour savoir s’ils étaient bien porteurs du virus. Et même en cas de test positif, il est hautement probable que le chiffre de 25 000 morts en France inclue des gens qui sont morts d’autres pathologies pré-existantes. Ces derniers ont été « classés Covid-19 » de manière imprécise. Ils seraient donc morts avec le coronavirus et non du coronavirus.
C’est par exemple le cas des maladies cardio-vasculaires. « Les cardiologues sont particulièrement préoccupés. Les infarctus ont disparu », écrit la cancérologue Nicole Delépine dans un article sur son site [6] intitulé « Covid19 et confinement aveugle, combien de morts évitables ? ».
« En France, en temps normal, 12 000 personnes font un AVC chaque mois et 10 000 un infarctus ». D’une part, les patients ont moins consulté ou pris leur rendez-vous de suivi, ce qui explique une baisse drastique du nombre d’accidents cardio-vasculaires déclarés, d’autre part il est possible que ces cas aient été basculés dans les statistiques du covid-19. « Les morts d’insuffisance cardiaque, et d’embolies pulmonaires seront classées Covid-19 même sans test, ce qui est autorisé par une circulaire destinée aux médecins », assure Nicole Delépine.
Il faudra du temps pour démêler tous ces chiffres, en veillant à ne pas confondre les morts du coronavirus avec les décès occasionnés par un confinement obligatoire délétère…

Un autre problème, la fiabilité des tests
Le manque de fiabilité de la technique RT–PCR est connu. Voici ce que dit la revue Prescrire, dans un article intitulé : « Covid-19 : fin avril 2020, les tests diagnostiques biologiques sont nombreux, mais souvent peu performants » (23 avril 2020). L’auteur écrit : « Le développement des tests diagnostiques de covid-19 est foisonnant, soumis à la pression de la pandémie, et en pratique les performances des tests sont encore peu évaluées, diverses, et souvent médiocres (…) Les résultats sont le plus souvent exprimés de façon qualitative : présence ou absence du virus. Les tests PCR étaient les seuls tests biologiques disponibles en routine jusqu'à début avril 2020. Début avril 2020, les tests de détection antigéniques sont peu performants et ils ont été déconseillés par l'Organisation mondiale de la santé (OMS) ».
Pour vous donner une idée du nombre de tests qui circulent sur le marché : « Au 22 avril 2020, 278 tests PCR, 149 tests de sérologie rapides et 84 tests Elisa ont été déclarés commercialisés dans le monde. On ne dispose de résultats de performances que pour quelques tests », écrit Prescrire.

Une sensibilité entre 56 et 83 %
Des propos confirmés par la Revue médicale Suisse, dans son numéro paru le 8 avril 2020 [7] : « Plusieurs études ont évalué les propriétés du frottis nasopharyngé-PCR en comparaison avec des examens radiologiques. La qualité des études concernant la sensibilité est faible et les détails quant aux caractéristiques des patients et le gold standard utilisé sont maigres ». « D’après les données bibliographiques à disposition, la sensibilité peut être estimée entre 56 et 83 % ». Le moins qu’on puisse dire c’est que ce n’est pas beaucoup ! Mais à aucun moment les statistiques officielles ne tiennent compte de ce problème pour pondérer leurs résultats.
Une étude chinoise parue fin mars dans le Journal of medical virology [8]
mettait déjà en garde: « Les résultats indiquent que les résultats des tests RT ‐ PCR d'échantillons sur écouvillon pharyngé étaient variables et potentiellement instables, et ils ne devraient pas être considérés comme le seul indicateur pour le diagnostic, le traitement, l'isolement, la récupération / la sortie et le transfert pour les patients hospitalisés cliniquement diagnostiqués avec COVID‐ 19 ». Or c’est bien ce que la France a décidé de faire. Mais ce n’est pas tout.

Et la spécificité ?
Il n’y a pas que la « sensibilité » qu’il faut prendre en compte dans la fiabilité des tests, il y a aussi la « spécificité », c’est-à-dire la capacité du test à bien cibler le virus recherché et pas un autre. Que se passe-t-il par exemple en cas d’infection par un autre virus ? Ces tests du covid–19 ne pourraient-ils pas produire un faux positif en présence d’un autre virus de la famille corona, ou encore celui de la grippe ? On sait que les tests PCR peuvent être faussés lorsque l’échantillon est contaminé par d’autres souches notamment bactériennes (voir cet article paru en 2007 dans la Revue Médicale Suisse [9]).
Officiellement, tout le monde a l’air de s’accorder sur le fait qu’ils sont fiables à 99 % concernant la spécificité. C’est d’ailleurs ce pourcentage que retient la Revue médicale Suisse dans son analyse de fiabilité des tests. Mais elle précise que c’est un parti pris nécessaire pour ces calculs. La majorité des tests du marché n’ont sans doute pas un tel niveau de spécificité comme le laisse entendre la revue Prescrire, même si cette dernière note que beaucoup ont quand même une spécificité proche de 100 %.
Un article intéressant du Taiwan English News , paru en mars 2020, titrait : « Au milieu de la panique virale, tout le monde ignore le problème des faux positifs et appelle à plus de tests » : « Depuis longtemps, la technique PCR est connue pour créer des résultats faussement positifs, même pour des agents pathogènes bien établis, bien connus et bien étudiés. Par exemple, le taux de faux positifs est cité par les Centers for Disease Control and Prevention des États-Unis comme raison pour laquelle le test PCR ne devrait pas être utilisé sur des patients asymptomatiques pour la coqueluche (coqueluche) ».
Avons-nous vraiment la certitude et le recul nécessaire pour être sûr qu’une autre infection virale ou bactérienne ne va pas fausser le résultat des tests du Covid-19 ?

Plus de faux positifs que de faux négatifs ?
Lorsque l’on regarde de près l’analyse faite par la Revue médicale Suisse, on constate que les résultats positifs des tests PCR sont moins fiables que les résultats négatifs dès lors qu’ils sont pratiqués au sein d’une population qui compterait 10 % de contaminés.  Mais que vient faire l’incidence de la maladie dans la population pour déterminer la fiabilité d’un test ? De toute évidence, les scientifiques ont besoin d’améliorer l’interprétation des tests dans un contexte où leur fiabilité n’est pas optimale. On parle de « probabilité prétest ». « L'interprétation d'un test dépend aussi de la fréquence de la maladie dans le groupe de population où la personne est testée », confirme la revue Prescrire.
Au sein d’une population qui compterait 10 % de contaminés, la revue suisse nous dit que la probabilité d’avoir vraiment la maladie en cas de résultat positif est de 86-90 % alors que probabilité de ne pas avoir la maladie, sachant que le test est négatif est de 95-98%. Je résume, si vous êtes testé avec un test PCR, un résultat négatif sera fiable à 95 %. Mais si vous avez un résultat positif ce n’est fiable qu’à 86 %. Je vous rappelle que les résultats de la revue sont basés sur une spécificité des tests optimale à savoir de 99 %…

Que penser du dépistage de masse ?
Si on pratique un dépistage de masse dans une population touchée à 10 % ou moins (comme c’est le cas un peu partout), il y aura sans doute plus de risque d’avoir des faux positifs que des faux négatifs. Je vous livre la démonstration de la revue Prescrire dans son article « Valeur prédictive des résultats des tests diagnostiques : l'exemple des tests covid-19 », qui montre que la proportion de faux positifs peut être vertigineuse.
« En prenant l'hypothèse de deux tests sérologiques pour le virus Sars-CoV-2, l'un de performance moyenne avec une sensibilité de 85 % et une spécificité de 98 %, et l'autre de performance médiocre dont la sensibilité serait de 65 % et la spécificité de 90 %, on peut calculer la probabilité que le contact avec le virus soit diagnostiqué à bon escient si on connait la fréquence de la maladie.
« Un exemple (parmi d’autres) peut être celui d'une personne sans symptôme notable d'une région où 2 % des habitants (comme en Aquitaine, ndr) ont été infectés par le virus Sars-CoV-2 qui se fait tester. Si le test le plus performant est positif, la probabilité que la personne testée ait été véritablement infectée est de 45 % (valeur prédictive positive, VPP). Si le test de moindre performance est utilisé et que le résultat est positif, cette probabilité n'est que de 12 %. Autrement dit, le test est faussement positif dans 83 % des cas ».
Le pourcentage de la population « contaminée » est établie en partie sur la base de ces mêmes tests, parfois même en l’absence de signes cliniques. Mais que valent vraiment ces données épidémiologiques relatives au covid-19 alors que, de toute évidence, la fiabilité des tests n’est pas acquise ?

Rester prudent face au résultat
Dans tous les cas, étant donné le faible niveau actuel de données bibliographiques sur ces tests, que vous soyez testé négatif ou positif, même en étant symptomatique, le résultat de laboratoire ne doit pas être pris comme une certitude diagnostique. Renseignez-vous sur le type de test utilisé (sérologie, RT-PCR…) et sur ses allégations de performance. En cas de résultat positif, un deuxième voire un troisième test s’impose, afin de ne pas être médicalisé inutilement ou de manière inappropriée. Vous pouvez aussi demander à être testé pour d’autres agents infectieux afin de vous assurer qu’il n’y a pas de co-infection (absence d’autres coronavirus humains, de virus grippaux, de rhinovirus, entérovirus, virus respiratoire syncytial, parainfluenza, metapneumovirus, adenovirus, bocavirus) pour tenter d’affiner le diagnostic avec l’aide de votre médecin.

 

<